Το Ενιαίο Ολοήμερο Σχολείο εισήχθηκε με βάση την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου με Αρ.Αποφ.: 63.788 και ημερομηνία 17/5/2006. Σύμφωνα με τον αρχικό σχεδιασμό, ο θεσμός θα εφαρμοζόταν πιλοτικά σε δεκαπέντε (15) σχολεία για τρεις σχολικές χρονιές, και, ανάλογα και με τα αποτελέσματα της αξιολόγησης θα αποφασιζόταν η θεσμοθέτηση και επέκτασή του.
Mε τη λήξη της σχολικής χρονιάς 2009- 2010 ολοκληρώθηκε η τετράχρονη πιλοτική εφαρμογή του θεσμού (Β' φάση πιλοτικής εφαρμογής). Σύμφωνα με τις σχετικές αποφάσεις του Υπουργικού Συμβουλίου, η πιλοτική εφαρμογή του θεσμού αξιολογήθηκε σε ετήσια βάση από Ανεξάρτητη Επιστημονική Επιτροπή και η θεσμοθέτηση του μελετήθηκε από ειδική επιτροπή, όπως προνοούσε το νεό πλαίσιο λειτουργίας του Ενιαίου Ολοήμερου Σχολείου που εγκρίθηκε από το Υπουργείο Παιδείας, Πολιτισμού, Αθλητισμού και Νεολαίας (Υ.Π.Π.Α.Ν.) με Αρ. Αποφ. 68.931 και ημερομηνία 3 Ιουνίου 2009. Στην Επιτροπή συμμετέχειαν εκπρόσωποι του Υπουργείου Παιδείας και Πολιτισμού, του Υπουργείου Οικονομικών, της Επιτροπής Αξιολόγησης του θεσμού, της ΠΟΕΔ, της Παγκύπριας Συνομοσπονδίας Συνδέσμων Γονέων και ο εξωτερικός σύμβουλος των Ενιαίων Ολοήμερων Σχολείων.
Στο παρόν στάδιο λειτουργούν 14 Ενιαία Ολοήμερα Σχολεία.
Στα βασικά πορίσματα της αξιολόγησης που έγινε για το θεσμό εντοπίζονται αρκετά θετικά στοιχεία.
Θετικά στοιχεία ως προς το περιεχόμενο του θεσμού:
Αναδόμηση του μαθήματος των Αγγλικών και εισαγωγή του σε όλες τις τάξεις.
Εισαγωγή του μαθήματος της Πληροφορικής σε όλες τις τάξεις.
Εισαγωγή της καινοτομίας "Αγωγή Ζωής" που λειτουργεί ως ευέλικτη ζώνη με δυνατότητες εφαρμογής δημιουργικών δραστηριοτήτων.
Εισαγωγή των θεμάτων Ενδιαφέροντος σε όλες τις τάξεις.
Θετικά στοιχεία ως προς τη λειτουργία του θεσμού:
Επίτευξη των στόχων που τέθηκαν για ενίσχυση της κοινωνικοποίησης των παιδιών και ανάπτυξη καλών τρόπων συμπεριφοράς.
Περιορισμός των ανισοτήτων και παροχή ίσων ευκαιριών στους/στις μαθητές/μαθήτριες για ανάπτυξη ταλέντων και ενδιαφερόντων.
Διαμονή των παιδιών σε ασφαλή χώρο κατά τα απογεύματα.
Προώθηση της υγιεινής διατροφής.
Υποψήφια για ένταξη στο θεσμό σχολεία, με βάση την απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου με ημερομηνία 16 Φεβρουαρίου 2011 Τα υφιστάμενα Ενιαία Ολοήμερα Σχολεία θα συνεχίσουν τη λειτουργία τους πάνω σε μόνιμη βάση, μετά και την απόφαση που έλαβαν οι ίδιοι οι γονείς για συνέχιση του θεσμού στο σχολείο τους μετά το πέρας της πιλοτικής εφαρμογής. Παράλληλα, θα γίνει προσπάθεια να ενταχθούν νέα σχολεία στο θεσμό. Η εμπειρία που αποκτήθηκε από την πιλοτική εφαρμογή του θεσμού καταδεικνύει ότι η επιτυχής εφαρμογή του εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από την αποδοχή που θα τύχει από τους/τις μαθητές/μαθήτριες, τους γονείς και τους/τις εκπαιδευτικούς. Ο θεσμός, με τον τρόπο που έχει διαμορφωθεί, δεν μπορεί και δεν πρέπει να επιβάλλεται από πάνω προς τα κάτω (από το Υπουργείο προς τις τοπικές κοινότητες) αλλά να εφαρμόζεται εκεί και όπου η τοπική κοινότητα το επιθυμεί ικανοποιώντας έτσι τις ανάγκες που οδήγησαν εξαρχής στην εφαρμογή του. Συνεπώς, θα δίνεται η ευκαιρία σε γονείς μιας ευρύτερης περιοχής (και όχι μιας και μόνο εκπαιδευτικής περιφέρειας) να επιλέξουν αν θα στείλουν τα παιδιά τους σε ένα κεντρικό Ενιαίο Ολοήμερο Σχολείο ή σε ένα γειτονικό σχολείο που θα λειτουργεί με ωράριο μέχρι τις 1:05 μ.μ.
Με βάση τα πιο πάνω, υποψήφια για ένταξη στο θεσμό σχολεία θα είναι:
i. καινούρια σχολεία τα οποία θα ανεγερθούν στο μέλλον σε μεγάλους δήμους ή κοινότητες
ii. σχολεία αστικών και ημιαστικών περιοχών τα οποία πληρούν τα κριτήρια ένταξης στον θεσμό και στα οποία υπάρχει τόσο η δυνατότητα μετεγγραφής των παιδιών που δεν επιθυμούν να φοιτήσουν το απόγευμα σε άλλο σχολείο όσο και η δυνατότητα εγγραφής παιδιών γειτονικών σχολείων στο ολοήμερο εφόσον υπάρχουν θέσεις
iii. σχολεία της υπαίθρου στα οποία οι γονείς επιθυμούν την εφαρμογή του θεσμού και τα οποία πληρούν τα κριτήρια ένταξης (προτεραιότητα θα δίνεται σε περιφερειακά σχολεία).
Τα σχολεία που θα λειτουργήσουν ως Ενιαία Ολοήμερα Σχολεία θα πρέπει να διαθέτουν την απαραίτητη κτιριακή υποδομή στην οποία περιλαμβάνονται τα εξής:
αίθουσα πολλαπλής χρήσης
αίθουσα σίτισης/ξεκούρασης/ψυχαγωγίας
στεγασμένους χώρους
εργαστήριο Ηλεκτρονικών Υπολογιστών
Οι Τεχνικές Υπηρεσίες του Υ.Π.Π.Α.Ν έχουν εντάξει στο κτιριολογικό τους πρόγραμμα την αναβάθμιση των κτιριολογικών εγκαταστάσεων των 14 υφιστάμενων ΕΟΣ.
Υπηρεσία Διαδικτύου και Επικοινωνίας - Υπουργείο Παιδείας, Αθλητισμού και Νεολαίας
Το Ενιαίο Ολοήμερο Σχολείο εισήχθηκε με βάση την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου με Αρ.Αποφ.: 63.788 και ημερομηνία 17/5/2006. Σύμφωνα με τον αρχικό σχεδιασμό, ο θεσμός θα εφαρμοζόταν πιλοτικά σε δεκαπέντε (15) σχολεία για τρεις σχολικές χρονιές, και, ανάλογα και με τα αποτελέσματα της αξιολόγησης θα αποφασιζόταν η θεσμοθέτηση και επέκτασή του. 
Τα υφιστάμενα Ενιαία Ολοήμερα Σχολεία θα συνεχίσουν τη λειτουργία τους πάνω σε μόνιμη βάση, μετά και την απόφαση που έλαβαν οι ίδιοι οι γονείς για συνέχιση του θεσμού στο σχολείο τους μετά το πέρας της πιλοτικής εφαρμογής. Παράλληλα, θα γίνει προσπάθεια να ενταχθούν νέα σχολεία στο θεσμό. Η εμπειρία που αποκτήθηκε από την πιλοτική εφαρμογή του θεσμού καταδεικνύει ότι η επιτυχής εφαρμογή του εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από την αποδοχή που θα τύχει από τους/τις μαθητές/μαθήτριες, τους γονείς και τους/τις εκπαιδευτικούς. Ο θεσμός, με τον τρόπο που έχει διαμορφωθεί, δεν μπορεί και δεν πρέπει να επιβάλλεται από πάνω προς τα κάτω (από το Υπουργείο προς τις τοπικές κοινότητες) αλλά να εφαρμόζεται εκεί και όπου η τοπική κοινότητα το επιθυμεί ικανοποιώντας έτσι τις ανάγκες που οδήγησαν εξαρχής στην εφαρμογή του. Συνεπώς, θα δίνεται η ευκαιρία σε γονείς μιας ευρύτερης περιοχής (και όχι μιας και μόνο εκπαιδευτικής περιφέρειας) να επιλέξουν αν θα στείλουν τα παιδιά τους σε ένα κεντρικό Ενιαίο Ολοήμερο Σχολείο ή σε ένα γειτονικό σχολείο που θα λειτουργεί με ωράριο μέχρι τις 1:05 μ.μ. 